本文主要介绍如何利用RDKit解决化合物SMILES表示中出现的原子价态错误，报错Explicit valence for atom # 1 C, 5, is greater than permitted。 问题现象： mol Chem.MolFromSmiles("C[CH2]1(C#N)CC1") #运行后报错如下 >>> [11:…

环境 Python 3.9RDKit 2023.09.1from rdkit import Chem from rdkit.Chem import rdDepictor from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsoleIPythonConsole.ipython_useSVG=True %matplotlib inline import rdkit print(rdkit.__version__) 2023.09…

RDKit的基本数据结构：分子对象 RDKit 是一个强大的化学信息学库，其中的核心数据结构是分子对象。分子对象在 RDKit 中用于表示化学分子结构，是所有分子操作和分析的基础。下面我们将详细介绍分子对象的创建、操作和应用。 1 分子对象简介 …

文章目录 计算机辅助药物设计AIDD【小分子专题】AIDD概述及药物综合数据库学习机器学习辅助药物设计图神经网络辅助药物设计自然语言处理辅助药物设计药物设计与分子生成 计算机辅助药物设计【蛋白质专题】蛋白质数据结构激酶-Kinase相似性学习基于序列的蛋白质属性预测基于结构…